Мезолит начался с потепления климата, что вызвало подъем уровня Мирового океана и увлажнения окружающей среды. Континенты приобрели современные очертания, а плейстоценовая фауна исчезла, и ее место заняли современные виды животных.
Изменения окружающих условий способствовало преобразованию адаптации человека, что нашло отражение в материальной культуре этого времени. Мезолитические культуры на территории Южного Урала сложились на основе местного верхнего палеолита.
До середины 1950-х гг. на территории Башкортостана памятники мезолита не были известны. В 1954 г начинает работу Южно-Уральская археологическая экспедиция Института археологии АН СССР под рук. Г.Н. Матюшина, которая продолжает работу в основном до 1975 г. В результате выявлено ок. 200 памятников каменного века, в том числе и мезолитические. Результаты работ этого периода отражены в монографии Г.Н. Матюшина изданной в 1976 году - «Мезолит Южного Урала», а также в томе «Мезолит СССР» изданной в 1989 году многотомного издания «Археология СССР».
Среди стоянок в Предуралье выявлено более 15 памятников с микролитическим инвентарем без керамики. Часть их – Ильмурзино, Романовка II, Романовка III, Черкасово, Кумлекулево и др. - подверглась раскопкам Г.Н. Матюшина в 1958 – 1963 гг. В горных районах Башкортостана исследованы две стоянки – Азопкино и Акбута. В Зауралье Башкортостана наиболее выразительными чисто микролитическими стоянками являются Янгелька на оз. Чебаркуль, Карабалыкты II и др.
В результате работ было установлено, что в регионе сложилось две мезолитические культуры, отржающие две группы племен. Одна занимала Приуралье (романово-ильмурзинская), вторая – область южного Урала и его восточных склонов (янгельская). Особенностью Зауральской группы является использования местного сырья и наличие геометрических микролитов в каменном инвентаре: трапеций и треугольников.
К памятникам романо-ильмурзинской культуры относятся Романовка-2, -3, Ильмурзино, Давлеканово (нижний слой), Миловка-1, -2, Холодный Ключ, Михайловская.
Для памятников этой культуры характерно расположение на высоких вторых надпойменных или низких пойменных террасах. Для культуры характерна главным образом пластинчатая техника раскалывания кремня. Широко представлена микрорезцовая техника. В ряде стоянок найдены и костяные изделия – кинжалы с пазами для вкладышей, гарпуны двусторонние и односторонние, наконечники стрел, шилья, роговые муфты и т.п.
К янгельской (зауральской) относятся – стоянка Янгелька, Якты-Куль, Карабалыкты VII, Мурат, Суртанды VI, Кусимовская и др.
Наиболее полно исследованным Г.Н. Матюшиным мезолитическим памятником Южного Зауралья является стоянка Янгелька. Расположена она на берегу оз. Чебаркуль в Абзелиловском районе РБ. Стоянка занимает высокий, 20 метровый обрывистый мыс (древний коренной берег р. Янгелька). Контуры сплошного распространения орудий и отходов их изготовления совпадали с центральной частью углублений слоя. В центре углубления прослежены мощная зольная прослойка и крупный очаг. Судя по концентрации находок, наличию очагов, столбовых ям и т.п., углубление является остатками крупного жилища. Его границы довольно крупных размеров, площадью ок. 120-130 м² образуют овал с двумя выходами.
В целом для стоянок характерно расположения на первых надпойменных террасах рек, имеющих различные высотные отметки: в степной и лесостепной зоне – 4-5 м, в лесной и горно-таежной зоне – от 9 м и выше от уреза воды. Озерные стоянки занимают береговые площадки или седловинки между скальными выходами различной высоты – от 2-3 до 20 м.
В 1970-90-е гг. работы в Южном Зауралье продолжает В.С. Мосин он исследует стоянки Чебаркуль-XVII, Юрюзанская I и др. Полученные материалы показали неоднозначность многих характеристик материальной культуры предложенных Г.Н. Матюшиным. На основе полученных материалов В.С. Мосин выделяет общие основы мезолитических памятников Южного Зауралья, Притоболья и Среднего Зауралья и объединяет их в зауральскую мезолитическую общность.
На территории республики Башкортостан также известен памятник с наскальным искусством этого периода - Мурадымовская-2, пещера. Пещера находится на р. Большой Ик, в 1984 г она была обследована Р.Г. Кузеевым и А.Х. Пшеничнюком. Рисунки представляют собой 11 антропоморфных фигур выполненных охрой. В 2009 г. в зале с рисунками В.Г. Котовым был заложен шурф, в котором выявлен культурный слой одновременный изображениям.
В 2005 г при сплошном обследовании оз. Якты-Куль (Банное) и Сабакты в Южном Зауралье В.Г. Котовым и Н.С. Савельевым были исследованы памятники Карабалыкты-10а и Банное-5.
Изучение памятников мезолита на территории республики Башкортостан охватывает относительно небольшой период в археологии региона, начиная с середины 1950-х гг. Значительный вклад в открытие, исследование и интерпретацию памятников этого периода принадлежит Г.Н. Матюшину, работы которого остаются актуальными и в настоящее время. Последующие исследования В.С. Мосина сосредоточены на территории Южного Зауралья. В настоящее время исследование этого периода на территории республики носит отрывочный характер, связанный главным образом со случайным, несистемным выявлением памятников этого периода.